東京都の腸内フローラ検査はどこで受けられる？23区のおすすめ医療機関と自宅キットを比較

東京都で腸内フローラ検査ってどこで受けられるんだろう…？

編集部で楽天・Amazon・知恵袋から、東京都内の医療機関と自宅検査キットの口コミを横断調査しました。

対面で医師の説明を受けたい方は、地域内のクリニック受診も選べます。

腸内フローラ検査キットは1万円台〜2万円台が中心価格帯で、自宅キットは地域に関係なくオンラインで購入できます。

目的に応じてルートが分かれます。

• 自宅で完結したい人は『キット型』
• 対面で医師から結果説明を受けたい人は『医療機関の自費検査』

※基本的には自宅検査キットを選べばOKです。料金面もかなりお得なため。

※2026年6月時点の編集部リサーチに基づきます。料金や検査項目は変更の可能性があるため、最新情報は各社公式でご確認ください。

検査キット選びの結論

結論ですが、2026年6月に選ぶなら2つのキットが有力です。

目的	最適なキット
痩せ菌を種レベルまで調べたい	chatFLORA GでOK （6,000円オフ中）
どれを選ぶか迷っている	chatFLORA GでOK （2026年6月の最有力）
検査実績の多さで選びたい	マイキンソーでOK （国内トップクラスの実績）

◾️chatFLORA G（6,000円オフ中）：
種レベル解析で痩せ菌3種を精密検出

公式サイトはこちら：https://chatflora.jp/chatflora-g

↑2026年6月に買うならこれがお得◎

◾️マイキンソー（2,000円オフ中）：
初めての検査・総合評価重視

公式サイトはこちら：https://mykinso.com/

特に割引中の『chatFLORA G』なら、高精度な解析を13,800円で受けられます。

コストを抑えて深く調べたいなら、まず候補に入れたい1本です。

• 申し込みから結果まで自宅で完結
• キャンペーン中は送料無料

chatFLORA Gの検査内容を公式サイトで確認する

編集部がchatFLORA Gを推す根拠は、「解析の深さ」と「今の価格」の2点に絞られます。

まずは、菌を「種」まで見分けられる解析力です。

市販キットの多くは「属」レベルまでの判定で止まります。

chatFLORA Gは第3世代シーケンサーで一段細かい「種」まで踏み込むため、同じグループに属する菌でも働きの違いまで拾えます。

• 痩せ菌として知られるアッカーマンシア菌
• 短鎖脂肪酸を生み出すロゼブリア菌
• 大豆イソフラボンをエクオールに変えるエクオール産生菌

レポートはダイエット・エクオール・メンタル・アレルギー・栄養素・疾患リスク・睡眠の7カテゴリー39項目。結果はWeb上でまとめて読めます。

数値だけでなく、腸内タイプに合った食材アドバイスまで添えられます。

もう1点が価格です。

通常19,800円のところ、2026年6月は6,000円オフ。

種レベルの解析を13,800円で受けられるキットは、そう多くありません。

割引の適用条件と終了時期は、申し込み前に公式サイトで確認してください。

chatFLORA Gの検査内容を公式サイトで確認する

※掲載内容は2026年6月時点の編集部調査によるものです。料金や割引は変更される場合があるため、申し込み前に公式サイトで最新情報をご確認ください。検査結果は腸内環境を見える化するためのもので、病気の診断や治療を目的としたものではありません。

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2026年6月時点で、『chatFLORA Gは自宅キットの中で最もディテール志向』です。

採便から結果まですべて郵送で完結し、3〜5週間でレポートが届きます。

【事前確認】東京都で腸内フローラ検査を受ける前に知っておきたいこと

東京都で検査を受ける前に整理しておきたい3つの観点があります。

ちなみに、最新の利用者の声はX(旧Twitter)の検索でも確認できます。

医療機関で受けるか自宅キットで受けるかを決める

腸内フローラ検査の受け方は、大きく分けて『医療機関での自費診療』と『自宅キットの郵送検査』の2つです。

どちらが向いているかは、何を重視するかで変わります。

比較表で違いを整理しました。

項目	医療機関	自宅キット
おすすめ度
料金目安	2万円〜2万5千円	1万円〜2万円
結果説明	医師が対面で解説	レポート＋オンラインで確認
受診の手間	来院が必要	自宅で完結
結果までの期間	3〜6週間	3〜5週間
食事・生活指導	医師or管理栄養士が個別対応	レポート内のアドバイスが基本

医師から直接アドバイスを受けたい方は医療機関、まずは気軽に試してみたい方は自宅キットが向いています。

※最近のオンラインキットは、かなり本格的なサポートを受けられるため、基本的にはオンラインキットがおすすめです。

東京都内では、新宿区・渋谷区・世田谷区など23区を中心に検査を導入している医療機関があります。

検査目的が「体調不良の相談」か「腸活の見直し」かを整理する

腸内フローラ検査を申し込む前に、自分の目的をはっきりさせることが大切です。目的によって最適な選択肢が変わります。

便秘・下痢・腹痛などの『明確な体調不良』が続いている場合は、検査キットの前に医療機関を受診してください。

腸内フローラ検査は診断や治療を目的としたものではありません。症状の原因を特定するには、医師による診察と必要に応じた精密検査が必要です。

一方、以下のような目的なら自宅キットで十分対応できます。

• 普段の食生活が腸内環境にどう影響しているか確認したい
• 腸活を始める前に自分の腸内タイプを知りたい
• サプリや発酵食品の選び方の判断材料がほしい
• 家族の健康管理の参考にしたい

腸内環境については、※厚生労働省eヘルスネットでも基礎情報が公開されています。

申し込み前に料金・検査項目・結果レポートの内容を確認する

腸内フローラ検査キットは商品ごとに『解析手法』『レポートの項目数』『アフターサービス』が大きく異なります。

申し込み後に「思ったより簡素なレポートだった」と感じることを避けるため、購入前に以下を確認してください。

• 料金は税込か税抜か(送料込みか別か)
• 解析手法(16S rRNA解析・ショットガン解析・第3世代解析など)
• レポートの項目数とサンプル画像の有無
• 結果到着までの期間
• 食事アドバイスや栄養指導の有無

レポートのサンプルが公式サイトで見られない場合は、購入前に問い合わせて確認するのが安全です。

結果の解釈には個人差があり、同じ菌種構成でも生活習慣によって意味合いが変わります。

レポートは『食生活を見直すヒント』として活用するのが現実的です。

東京都在住者におすすめの腸内フローラ検査キット5選

東京都在住者が選びやすい腸内フローラ検査キットを5つ厳選しました。

5商品の特徴をひと目で比較できる早見表です。

商品名	評価	料金(税込)	運営会社	こんな人向け	詳細
chatFLORA G		19,800円 ※キャンペーン時13,800円	株式会社 KEAN Health	菌種レベルまで踏み込みたい人	解説へ
Body Granola		16,500円 +月額3,500円〜(税抜)	カルビー 株式会社	食生活の改善まで一気に進めたい人	解説へ
マイキンソー		19,800円	株式会社 サイキンソー	実績と信頼性を重視する人	解説へ
Flora Scan		2万円前後〜 ※医療機関により異なる	株式会社 プリメディカ	大学共同研究の学術根拠を重視する人	解説へ
健腸ナビ		38,500円 ※公式サイト参照	シンバイオシス・ ソリューションズ株式会社	疾患リスクを網羅的に把握したい人	解説へ

※料金・サービス内容は2026年6月時点の編集部調査に基づきます。最新情報は各社公式サイトで必ずご確認ください。

それぞれの特徴と『どんな人に向いているか』を整理しています。

料金や検査項目は2026年6月時点の公開情報に基づきます。最新情報は各社公式サイトで確認してください。

chatFLORA G｜第3世代解析で菌種レベルまで詳しく知りたい人向け

評価
運営会社	株式会社KEAN Health
料金(税込)	13,800円 (2026年6月キャンペーン価格・通常19,800円)
解析手法	第3世代ロングリードシーケンサー (菌の種レベルまで判別)
検査項目	7カテゴリー39項目 (ダイエット・睡眠・アレルギー・栄養素・エクオール・未病予防・メンタルヘルス)
結果到着	3〜5週間
アフターサポート	マイページで継続比較・パーソナライズ食材提案・定期コース(1袋6,600円〜)

chatFLORA Gは、第3世代シーケンサーを使った解析で『菌の種レベルまで判別』できる検査キットです。

従来の16S rRNA解析が「属」レベルまでの判別だったのに対し、chatFLORA Gは1ランク細かい「種」まで踏み込みます。

同じ菌の仲間でも、種が違えば働き方が変わります。

レポートでは菌種構成・多様性スコア・善玉菌/悪玉菌バランスのほか、生活習慣との関連性まで多角的に解説されます。

『腸活をすでに実践しているけど、もう一段階踏み込んだデータを見たい』という人にハマる設計です。

採便から3〜5週間で結果が届き、専用アプリで過去の検査結果と比較できる点も継続派には便利です。実際の口コミはAmazon商品ページでも確認できます。

検査結果はあくまで腸内環境を『見える化』するもので、特定の疾患の診断や治療効果を保証するものではありません。個人差があります。

＼第3世代解析で菌種まで判別／

chatFLORA Gの検査内容を公式サイトで確認する

Body Granola｜検査後の食生活の見直しまで始めたい人向け

評価
運営会社	カルビー株式会社 (共同開発:メタジェン・サイキンソー)
料金(税込)	検査キット16,500円 + Body Granola定期購入3,500円(税抜)/月 ※グラノーラ定期は任意
解析手法	16S rRNA解析 (全57タイプに分類)
検査項目	腸内フローラタイプ・菌の多様性・口腔常在菌の割合・主要6菌の保有割合
結果到着	4〜6週間
アフターサポート	検査結果に応じたパーソナライズグラノーラの定期配送(20食分/月)

Body Granolaはカルビーが運営する『検査＋パーソナライズグラノーラ』のセットサービスです。

検査結果に基づいて、自分の腸内タイプに合うグラノーラのトッピングが届く仕組みです。

検査して終わりではなく、毎日の食事に落とし込むまでがセットになっています。

『検査の数値は出たけど、結局なにを食べればいいの…』という、腸活初心者が一番つまずくところを設計でカバーしています。

『継続できるか不安』『難しいレポートだけ渡されても困る』という人には、食事の入り口まで用意されているこの形式が合います。

検査結果は健康状態を保証するものではなく、食生活を見直すヒントとして活用するものです。個人差があります。

＼検査結果からグラノーラまで／

マイキンソー｜累計検査数25万件以上の実績を重視したい人向け

評価
運営会社	株式会社サイキンソー
料金(税込)	19,800円 (販売店により16,500円〜)
解析手法	16S rRNA解析 (累計20万件のデータベース)
検査項目	7カテゴリー10項目 (健康長寿・ダイエット・美容・免疫・便秘・運動・不健康習慣をA〜E評価)
結果到着	3〜4週間(最長6週間)
アフターサポート	マイページで経時比較・腸活コンテンツ・管理栄養士「腸活ご相談コール」

マイキンソーは株式会社サイキンソーが提供する、自宅で受けられる腸内フローラ検査サービスです。

『累計検査数25万件以上』の蓄積データに基づく解析で、国内では知名度・実績ともにトップクラスです。

東京都内では『Mykinso Pro』を導入しているクリニックも各区に点在しています。

個人向けの『Mykinso』は自宅で郵送検査でき、医療機関向けの『Mykinso Pro』は医師の解説付きで受けられます。

『初めての検査で実績や信頼性を重視したい』という人にとって、データベースの厚みは大きな安心材料になります。

診断目的の検査ではないため、特定の疾患の有無は判定できません。腸内環境のバランスを把握する用途で活用してください。市場価格は楽天市場でも確認できます。

＼国内検査実績トップクラス／

Flora Scan｜5タイプ診断と腸活アドバイスを参考にしたい人向け

評価
運営会社	株式会社プリメディカ (測定:摂南大学発ベンチャー 株式会社フローラディスカバリー)
料金(税込)	19,800円
解析手法	16S rRNA解析 (京都府立医科大・摂南大との三者共同研究)
検査項目	日本人独自の5タイプ分類(特許取得)+疾患リスク評価 (IBD・糖尿病・高血圧・精神疾患・高脂血症など10領域)
結果到着	4〜6週間
アフターサポート	管理栄養士から食生活改善アドバイス(無料)・タイプ別パンフレット

Flora Scanは、腸内フローラを『5つのタイプに分類』して結果を返すタイプの検査キットです。

細かい菌種の数値を読むのが苦手な人でも、自分の腸内タイプが直感的に把握しやすい設計になっています。

結果がカテゴリ分類されているので、対応する腸活アクションが選びやすくなります。

レポートにはタイプ別の食事アドバイスや生活習慣のヒントもまとまっていて、初心者の入門用に向きます。

『細かい解析より、まず自分の傾向を把握したい』という人にとって、5タイプ診断は判断の土台になります。

結果はあくまで腸内環境の傾向を示すもので、健康状態を保証するものではありません。個人差があります。

健腸ナビ｜詳細レポートで健康管理の参考にしたい人向け

評価
運営会社	シンバイオシス・ソリューションズ株式会社
料金(税込)	38,500円
解析手法	16S rRNA解析 (医療機関向け『SYMGRAM』と同精度・日本人約2万7,000人のDB)
検査項目	女性34・男性31の病気リスク分析 (大腸がん・うつ病・認知症・乳がん・前立腺がんなど30以上) +菌の多様性・上位10菌の詳細解説
結果到着	4〜6週間
アフターサポート	リスクの高い病気ごとにおすすめ食品を提案・男女別の精密分析

健腸ナビは、解析結果と健康管理アドバイスをセットで提供する『レポート重視型』の検査キットです。

菌種構成・善玉菌バランス・多様性スコアといった基本項目に加え、生活習慣の改善ポイントが具体的に書かれています。

レポートの読み込みに時間をかけて、家族の健康管理にも活かしたい人に向いています。

『日々の食事や運動の手応えを定期的に確認したい』という人にとって、詳細レポート型は地道な相棒になります。

強みはレポートの情報量と生活習慣改善アドバイスの具体性で、家族の健康管理の参考にも使えます。

一方で、知名度はマイキンソーやchatFLORA Gより低く、レポートを読み込む時間が必要です。

レポートは食生活を見直すヒントとして活用するもので、特定の疾患を診断・予防するものではありません。

【東京都のエリア別】腸内フローラ検査キットを購入できる店舗・受けられる医療機関